Orhan Pamuk, müzenin açılması için Masumiyet Vakfı adıyla, bir vakıf kurmak amacıyla mahkemeye başvurdu ve 5 Şubat 2009 tarihinde mahkeme tarafından, vakfın tesciline karar verildi. Toplam sermayesinin 1.000.000 TL olduğunu belirten vakfın amaç maddesi şöyle açıklandı:
"Vakıf; gerek Masumiyet Müzesi ismi altında gerekse de başka isimler altında müze, kültür ve sanat merkezleri kurmak, işletmek, sanat ve düşün alanında yeni, işlenmemiş, masum sanatsal yanları ve yaratıcı sanatın çocuksu masum taraflarını ortaya çıkarmak, Ferit Orhan Pamuk'un kültürel, sanatsal, edebiyat ve iletişim alanlarındaki faaliyetlerini desteklemek, bu konuda çalışmalar yapmak, kültür, sanat, edebiyat ve iletişim alanlarında çeşitli faaliyetlerde bulunmak, çalışmalar yapmak, toplantılar, etkinlikler, sergiler düzenlemek, Vakfın faaliyetleri bölümünde belirtilen işlemleri, etkinlikleri gerçekleştirmek amacıyla kurulmuştur."
İstanbul 2010 Avrupa Kültür Başkenti Ajansı'ndan sağlanan mali destekle açılacak olan müze, Alman mimarlar Brigitte ve Gregor Sunder-Plassmann tarafından düzenlenecek. Müzenin açılışı 2010 yılında gerçekleşeceği söylendi fakat sonradan yapılan açıklamalarla 2011 yılının ilkbaharında açılması planlandığı belirtildi, yine daha sonradan yapılan açıklamalarla müzenin 28 Nisan 2012 tarihinde açılacağı duyuruldu ve bu tarihte bu kesin olarak açıldı. Müzenin kültür-sanat basınına tanıtımı sırasında yaptığı açıklamada Pamuk, müzenin ilk eşyalarını romanı yazmaya başlamadan önce toplamaya başladığını, romanı bu eşyalara bakarak yazdığını belirtti. Ayrıca kitabın içinde yer alan seksen üç bölüm, seksen üç kutuyla temsil edildi. Ayrıca romanda yer almayan bazı ayrıntılar, Kemal'in babasının aynı zamanda Monte Carlo'ya gidip kumar da oynaması gibi, müzede yer almaktadır.